早在11—12世纪时，医药在蒙古族民间就已有一定发展。兀刺速惕、帖良古惕、客失的迷等各部，还以熟悉蒙古药剂、能用“蒙古方法”治病而“闻名于世”。②所谓“蒙古方法”，主要是指对外伤的治疗，如用烧红的烙铁治伤口，或杀死牲畜剥取其皮裹患者伤口的皮疗。③例如窝阔台的箭伤，就是以烙疗治愈的。他们也深知以马奶酒治病方法。回回人忽思慧《饮膳正要》中就有若干关于蒙医的饮食治疗经验。《元史》中也有以大黄治瘟疫的记载。13世纪以后，因汉族医药，回回医药、藏医药等相继传入，医药学有了进一步发展。他们不仅学会艾炙或烧石、烧地自熨等治病方法，还知道以刀决脉出血缓解病情。④。其传统的正骨术，在各族人民中也被广为流传。藏传佛教传入后，由于各大寺庙多设有医学部，医学知识多为喇嘛僧掌握。17世纪中期，卫拉特蒙古高僧咱雅班第达为推进卫拉特各部医学的发展，还将藏族医学名著《四部医典》（又称《居悉》）译成托忒文，促使蒙医与藏医相结合。
