在蒙古国时期，蒙古族是有重要建树的。最主要成就是《蒙古秘史》（又译《元朝秘史》）、《蒙古黄金史纲》的纂辑。《蒙古秘史》原名《忙豁仑·纽察·脱卜察安》，约成书于1240年（窝阔台十二年）。书的作者目前尚不清楚，有的说是失吉忽秃忽，有的说是塔塔统阿，也有说是集体创作的。①它是蒙古族人第一部历史和文学名著，是根据最接近成吉思汗时代的口碑记述成吉思汗和窝阔台时期的特殊资料，史料价值极高，所叙事实，大都可与《圣武亲征录》、拉施特《史集》互相印证。原文为畏兀儿蒙文，今已不存。目前通用的是1382年（明洪武十五年）由火原洁和马沙亦黑汉译的标音本，分12卷，282节。《蒙古黄金史纲》一称《阿勒坦·托卜赤》，作者失名，成书于1604年至16z7年左右。全书内容大致可分为两部分：第一部分为印藏王统，第二部分为蒙古王统。蒙古王统又分前后两部分。书中对东、西蒙古两部相互关系记述颇详，是了解15、16世纪蒙古族历史的重要史料。此外，在蒙古国灭亡后不久成书的《蒙古源流》，也是一部有广泛影响的重要著作。原名《哈敦·温都苏努·额尔德尼·托卜赤》，简译为《宝贝史纲》，是鄂尔多斯部洪台吉萨囊彻辰所作。原书是蒙文。1776年（清乾隆四十一年），喀尔喀亲王成衮札布将家藏抄本献给清廷，次年奉诏译成满文，并由满文译成汉文。分8卷，定名《钦定蒙古源流》。书中历述蒙古各汗事迹，其中对达延汗、俺答汗活动的记述尤为翔实。
除以上3部重要史籍外，无名氏《俺答汗传》（又译《阿勒坦汗传》）、切尽黄台吉的《十善福白史》（简称“白史”）等，也有重要影响。
蒙古国鼎盛时，在元朝和波斯汗廷中，还置有修史中心，编集经史。例如1236年（窝阔台汗八年），立编修所于燕京，置经籍所于平阳。1264年（元至元元年），置翰林兼国史院。1271年，别立蒙古翰林院。天历年间，又立奎章阁学士院。在这些机构中，都有不少蒙古族人被任命为翰林学士、学士承旨、侍读学士、修撰、及必阇赤等职。1343年（元至正三年），中书右丞相脱脱还受命领导铁睦尔达世等蒙汉各族官员纂修宋、辽、金三史。另外，元朝政府还组织人力纂修了《大元一统志》、《经世大典》、《六条政类》、历朝大汗《实录》、《起居注》、《后妃功臣列传》等书。在伊儿汗国，旭烈兀的臣僚波斯人志费尼因随阿鲁浑入朝和林，还根据亲身见闻，撰写了《世界征服者史》，对成吉思汗西征过程以及蒙哥的登基和初期的统治，都作了极详尽的记载。继志费尼之后，在合赞汗宫廷供职的波斯人拉施特在蒙古人孛罗丞相协助下，又撰出另一名著《史集》，全面阐述蒙古自起源至当时的种种事件，史料极丰富，对历史学做出了重要贡献。
