1911年的辛亥革命，推翻了清王朝，结束了中国两千多年的封建专制统治。但是，革命果实被封建官僚袁世凯篡夺，在中国建立了名为民国政府，实为大地主大买办阶级联合专政的民国政府政权，使中国陷入一个内忧外患、灾难深重的封建军阀统治的黑暗年代。
民国政府成立后，先在内务部下设蒙藏事务处，置总办、帮办各一人。1912年7月，改设蒙藏事务局，直隶于国务院。9月9日，任命喀喇沁亲王贡桑诺尔布为总裁。这样既限制他的离心倾向，又利用他的名望来号召和影响其他蒙古王公。1914年5月，改蒙藏事务局为蒙藏院，直隶大总统，管理蒙藏事务；仍任贡王为总裁，并改简任为特任，地位与各部总长相同。民国政府设立蒙藏院的目的是建立如同清王朝理藩院（部）与蒙古、西藏等封建上层传统的隶属关系，来控制和羁縻蒙藏等少数民族上层。蒙藏院基本上沿袭清王朝旧的则例，“量为变通”，主管蒙藏并附以回部土司的典礼、宗教、封叙、边卫、劝业、民治等例行事项。
民国政府蒙藏院除专管蒙藏事务外，凡各部涉及蒙古、西藏的事件均有“咨照”、“会商”的职责。它虽在军阀政府中属无权的机构，但在当时对于各少数民族的封建上层还是有一定的吸引力和影响的，起到羁縻和控制各少数民族封建上层，并通过封建上层对少数民族地区实行封建统治的作用；起到反映当时边疆情况和处理一些特殊的民族事务的作用。
民国政府的治蒙政策实际上就是袁世凯复辟封建旧制度的政策。在“南北和谈”时，袁世凯提出了《满蒙回藏各属之待遇条件》，其核心内容就是要民国承认“满蒙王公世爵，概仍其旧，并得传袭”；1912年8月19日，专门颁布了《蒙古待遇条例》，其主要内容是“各蒙古，均不以藩属待遇，应与内地一律；各蒙古王公原有之管辖治理权，一律照旧；内外蒙古汗、王公、台吉世爵各位号，应予照旧承袭，其在本旗所享有之特权，亦照旧无异；蒙古各地胡图克图、喇嘛等原有封号，概仍其旧；蒙古王公世爵俸饷，应从优支给”；9月20日，袁世凯政府还公布了《加进实赞共和之蒙古各札萨克王公封爵的命令》，对蒙古王公以“效忠民国，实赞共和”为由分封爵位；同时对喇嘛教的上层人物也以封号赏赐，借以笼络蒙古封建上层。清政府笼络蒙古王公的“年班”、“燕赉”等制度，也略加改易名称或形式予以恢复；在参议院、众议院选举法中，明确规定蒙古议员完全由“蒙古王公世爵世职中进行选举”。总之，民国政府的对蒙政策是在“民主共和国”的招牌下保留封建制度。
为加强控制蒙古地区，袁世凯政府还积极推行清末民初酝酿的“蒙地改省”计划。1913年11月、1914年1月和6月，袁世凯借绥远将军张绍曾与晋系军阀阎锡山搞“晋绥分治”，以及热河士绅要求改特别区之机，先后在内蒙古地区分设绥远、热河、察哈尔3个特别区，作为改省的过渡形式。在三特别区下又设绥远道、热河道、兴和道，道下设县，并特别规定道尹“治理民政兼管蒙旗事务”，以此逐步削减蒙古王公的权利，削弱蒙旗权力，取消盟旗制度。由袁世凯委派都统掌管特别区的政治、经济、军事、财政、司法等大权，加强其统治力度。这是民国政府政府为直接统治内蒙古地区和对蒙古民族实行“分而治之”的重要步骤。这也是清王朝分割统治蒙古地区传统政策的继续。
1914年以后，民国政府制定了《禁止私放蒙荒通则》、《垦辟蒙荒奖励办法》、《边荒条例》等一系列政策条文，大肆官垦蒙地。随着放垦，设立设治局并逐步升级改县，剥夺蒙旗土地，削弱蒙旗权力。受害的是蒙汉劳动人民，受益的是军阀、地主、地商。
沙俄策划外蒙“独立”，企图吞并蒙古地区、分裂中国的阴谋，遭到了全中国人民的反对。袁世凯也曾两次致电哲布尊丹巴，劝其取消“独立”。
在全国舆论的压力下，民国政府政府一方面武力震慑内蒙古响应库伦“独立”的活动，一方面武装反击外蒙古叛军对内蒙古的进犯，同时通过外交途径解决外蒙古问题。1912年11月，中俄开始会谈外蒙古问题。1913年5月双方商订6项草约，但因俄方条件苛刻，中国参议院予以否决，会谈停止。9月，中俄重开谈判，袁世凯屈服于沙俄的压力，承认了外蒙古的“自治”，11月5日，双方订立《中俄声明文件》，中国只获得一纸空文的宗主权。
1914年9月，中、俄、蒙三方在恰克图重开谈判，到1915年6月签订《中俄蒙协约》，中国在名义上恢复了对外蒙古的主权，沙俄实质上仍有效地控制着外蒙古的局面，库伦集团仅有一个空头“自治”权。随之，11月6日，呼伦贝尔也改“独立"为“特别区域”。
1917年俄国十月革命推翻了沙皇的统治，由沙俄策动的外蒙古封建上层发动的“独立”运动彻底结束。外蒙古哲布尊丹巴也上书中华民国总统，要求撤消“自治”。1919年11月22日外蒙古正式取消“自治”。1920年1月28日，呼伦贝尔“特别区域”也正式取消。
在20年代初，国内军阀混战频繁。内蒙古部分地区成为军阀战争的战场，特别是第一、二次直奉战争给内蒙古地区造成了极大的灾难。奉系张作霖当上了蒙疆经略使，各路军阀趁机在内蒙古大肆掠夺土地，抢掠牛羊，内蒙古蒙汉各族人民陷入了军阀的黑暗统治之中。
